1 解剖生理方面
　　在组织结构方面阴阳学说在阐明畜体组织结构时，认为家畜机体是一个完整的有机体，其组织结构可划分为相互对立的阴阳两个方面。就大体部位来说，表为阳，里为阴。“表”指畜体的外表，泛指皮肤、肌肉、四肢；“里”指畜体的内里，如五脏六腑。脏腑又可分阴阳，脏为阴（心、肝、脾、肺、肾），腑为阳（胃、大肠、小肠、胆、膀胱、三焦）。五脏之中又可分阴阳，如《素问·金匮真言论》“背为阳，阳中之阳，心也。背为阳，阳中之阴，肺也。腹为阴，阴中之阴，肾也。腹为阴，阴中之阳，肝也。腹为阴，阴中之至阴，脾也。”由此看来，居于膈肌之前的心、肺属阳，居于膈肌之后的肝、脾、肾为阴。具体到每一个脏腑，又有阴阳之分，如心分为心阴、心阳，肾分为肾阴、肾阳等。
　　在生理方面：在生理方面，认为物质为阴、功能为阳。“阴”代表着物质或物质的贮藏，是阳气的源泉。“阳”代表着机能活动，起着卫外而固守阴精的作用。同时没有阴精就无以产生阳气，而通过阳气的作用又不断化生阴精，其之间同样存在着相互对立、依存、消长和转化的关系；同时阴阳的运动还表现在脏腑的协调上，如心为阳脏而主血，肺为阴脏而主气，同居胸中，气血相互滋生。肾为阴脏而藏精，肝为阳脏而主疏泄，共处下焦，肾阴滋养肝阳。脾胃同处中焦，脾为阴脏而喜燥恶湿，胃为阳腑而喜润恶燥，两者润燥调剂为用。此外，阴阳的运动表现在脏腑气机升降运动上。肝、肾位于下焦，其气运行中、上焦，表现为升。心、肺位于上焦，其气血运行于中、下焦，表现为降。脾、胃位于中焦，脾气主升，运水谷精微上达于心肺；胃气主降，传糟粕于大肠。脏腑升降正常，则气血生化运传上息。
　　2 病理方面
　　疾病的发生是机体阴阳失去相对平衡，出现偏盛或偏衰的结果。
　　阴阳的偏盛：阴阳任何一方的偏盛都会引起另一方的不足，从而出现阴盛则阳病或阳盛则阴病。
　　阴盛则阳病是由于阴邪（寒湿）偏盛，损伤阳气，致使阳不胜阴而引起阴胜则寒的病证，病畜表现出一系列的寒象：身冷寒颤，耳、鼻、四肢发凉，大便稀溏，小便清长，肠鸣腹痛，不时起卧，口色淡白，脉象沉迟等，此谓实寒证。阳盛则阴病是由于阳邪过盛引起的热性病证，耗伤畜体阴液，致使阴不胜阳而引起阳盛则热的病证，病畜表现出一系列的热象：发热口渴、大便干燥、小便短赤、头低耳耷、行走如痴、舌红苔黄、脉象洪数等，此谓实热证。
　　阴阳的偏衰：阴阳任何一方的偏衰，都会引起另一方的亢盛，从而表现阴虚则内热或阳虚则外寒的现象。
　　阴虚则内热，是阳本不亢盛，但由于阴液耗伤出现不足，则阳表现出相对的有余。阳盛则热，但这个热是由于阴不足的结果，故称虚热，家畜常表现体弱多汗，低热咳喘，粪干尿少，舌红少苔或无苔、脉细数等。
　　阳虚则外寒是阴本不太盛，但由于阳气衰微、表现不足，则阴表现出相对的有余。阴盛则寒，但这个寒是由于阳虚的结果，故称虚寒。家畜常表现身寒颤抖，耳、鼻、四肢发凉，腰膝冷痛，尿频量少，粪便稀软，口色淡白，脉迟细无力等。此外，机体阴阳任何一方虚损到一定程度，常可导致对方的不足，即所谓阴损及阳，阳损及阴，以致最后出现“阴阳两虚”的现象。如临证常见的一些慢性病，在其发展过程中，由于阳气虚弱，而累及阴精的化生不足，或由于阴精亏损而累及阳气的化生无源，都是常见的病理变化。
　　3 诊断方面
　　正确的诊断，首先要分清阴阳，才能抓住疾病的本质。《素问·阴阳应象大论》说“善诊者，察色按脉，先别阴阳”。任何病证，尽管它的临床表现错综复杂，但都可用“阴证”和“阳证”加以概括。临床上常用的“八纲辨证”是各種辨证的纲领，而阴阳则又是其中的总纲，以统领表里、寒热、虚实六纲，即表、热、实属阳；里、寒、虚属阴。
　　4 治疗方面
　　阴阳的偏盛偏衰，是疾病发生、发展的根本原因，因此，调整阴阳、补偏救弊，促使阴阳恢复相对平衡，是治疗疾病的基本原则。如对阴盛的寒证，用“寒者热之”的方法治疗；对阳盛的热证，应用“热者寒之”的方法治疗。反之，若因阴液不足，不能制阳而致阳相对亢盛者，则应补其阴液，用“壮水之主，以制阳光”的方法治之；若因阳气不足，不能制阴而造成阴相对亢盛者，则应补其阳气，用“益火之源，以消阴翳”的方法治之。