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本文系统研究了高校二级学院基于学科发展的财务预算编制依据、方法及其实现途径。通过对学科内涵发展分析，提出了基于学科组织的大学学科管理制度创新及其二级学院基于学科发展的经费预算改革思路，构建了基于学科发展的二级学院经费预算模式及其实现途径。基于学科发展的经费预算是高等学校激发学科活力，提高学科建设水平，有效落实学校、学院战略任务，提高资金使用效率与效益的有效途径。