由于湖泊流域社会经济快速发展,而污染治理设施滞后,氮、磷等污染负荷削减不力,致使我国众多湖泊水库长期接纳过量营养盐,湖泊水库富营养化程度普遍较高,湖泊水库水体处于"水华"频发的高生态风险状态之下。我国大中型湖泊水库的富营养化不仅导致水生生态系统及其服务功能的退化,其引起的频繁水华暴发现状已直接影响到湖泊水库周边及下游城镇、农村地区的饮用水和食品安全,影响到老百姓的健康安全和社会的长治久安。2007年-2008年,由环境保护部牵头,会同地方政府、国家发改委、水利部共同组成领导小组,选择全国优势单位组成项目实施单位,针对影响我国水环境安全和对社会经济发展有决定性作用的九大湖泊水库,安排开展全国重点湖泊水库生态系统调查、评价,制定水环境监控预警、风险管理和综合治理方案等工作。统称湖泊生态安全评估项目。