【摘 要】
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随着人类基因组计划及其他测序工作的顺利进行, 人们已经得到了大量的基因序列. 阐明这些序列的功能和意义成为功能基因组学的主要任务. 我们以大肠杆菌E. coli为参照基因组,
【机 构】
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中山大学生物化学系, 广州生物信息中心,
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随着人类基因组计划及其他测序工作的顺利进行, 人们已经得到了大量的基因序列. 阐明这些序列的功能和意义成为功能基因组学的主要任务. 我们以大肠杆菌E. coli为参照基因组, 利用已公开基因组数据的24种古细菌和真细菌蛋白质序列(可从ftp://ncbi. nlm.nih.gov/genbank/genomes/bacteria 下载), 建立了一个基于互联网的可查询的比较基因组学研究平台(http://202.116.74.121:8080/database.htm). 该平台可用于研究同源基因在古细菌、真细菌中的分布、进化, 以及进行功能预测, 也可以查询对各种属特异的基因, 是对NCBI的COGs系统的一个改进. 在该数据库基础上, 进一步建立了原始基因的查询界面(http://202.116.74. 108/DB_visualize.htm), 和各基因组总体直向同系物的动态变化图(http://202.116.74.108/chart.htm), 可用于查询古细菌和真细菌的共同保守基因, 并研究数据库中各细菌与大肠杆菌基因组的相似关系.
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