【摘 要】
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基于甘薯( Ipomoea batatas ( L.) Lam.)全基因组序列, 利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP( teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子
【机 构】
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福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室,福州 350002;福建农林大学农学院,福州 350002;宁德市农业农村局,福建宁德 352100;福建省种子总站,福州 350003;福建农林大学作物
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基于甘薯( Ipomoea batatas ( L.) Lam.)全基因组序列, 利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP( teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子, 并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异.结果显示, 甘薯基因组中共有27 个 TCP转录因子, 其中Class Ⅰ13个、 Class Ⅱ( CIN) 8个、 Class Ⅱ( CYC/TB1) 6个.甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上, 其中6对基因存在潜在复制关系.甘薯Class Ⅱ( CYC/TB1)转录因子含有R结构域, 其氨基酸序列较为保守.在TCP家族中共发现10个保守基序( motif) , 基序的氨基酸序列长度为15～60个, 其中motif 1含有TCP结构域, motif 3含有R结构域, TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异.逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明, TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因.
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