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16S rRNA普遍存在于原核单细胞生物体内，利用体外扩增16S rRAN基因，借助各种检测手段或序列分析，可用于各种细菌、螺旋体、支原体、衣原体和立克次体种系发生的分析和种属鉴定。在种系发生学研究中，16S rRNA基因几乎是“金标准”；在用于鉴定方面，某些情况下虽然尚需要其他方法的配合，但是就单一检测方法的准确性和检测效率来看，针对16S rRNA的细菌鉴定方法仍然是最好的方法之一。