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社区卫生服务机构的性质决定了在其经费来源中，政府投入应占主导地位。“收支两条线”可以彻底切断工作人员工资待遇与机构业务收入之间的联系，有利于控制机构盲目追求经济利益的倾向。为避免出现运行效率低下的问题，在实行收支两条线管理的同时，要建立健全绩效考评体系，以便使社区卫生服务能够更好地发挥提高人民健康素质、促进社会公平、维护社会稳定、构建和谐社会的重要作用。