【摘 要】
:
目的通过生物信息学分析结直肠癌组织与正常癌旁组织的基因表达数据集,筛选出参与并影响结直肠癌发生发展的关键差异表达基因。方法从基因表达谱(GEO)数据库中下载3个结直肠癌组织信使RNA(mRNA)芯片数据集,为数据集GSE35279,数据集GSE50746和数据集GSE87211,共包括173个正常癌旁组织和297个结直肠癌组织。进行分析筛选,获得差异表达基因(DEGs)。使用标注可视化和集成发现数
【机 构】
:
武汉大学中南医院胃肠外科 武汉市腹膜癌临床医学研究中心 湖北省肿瘤医学临床研究中心 肿瘤生物学行为湖北省重点实验室 430071,武汉大学中南医院胃肠外科 武汉市腹膜癌临床医学研究中心 湖北省肿瘤医学
论文部分内容阅读
目的通过生物信息学分析结直肠癌组织与正常癌旁组织的基因表达数据集,筛选出参与并影响结直肠癌发生发展的关键差异表达基因。
方法从基因表达谱(GEO)数据库中下载3个结直肠癌组织信使RNA(mRNA)芯片数据集,为数据集GSE35279,数据集GSE50746和数据集GSE87211,共包括173个正常癌旁组织和297个结直肠癌组织。进行分析筛选,获得差异表达基因(DEGs)。使用标注可视化和集成发现数据库(DAVID)用于富集分析。通过STRING和Cytoscape数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络,并得到关键DEGs。利用UALCAN、基因表达谱动态分析(GEPIA)等数据库分析关键基因的表达和生存分析,使用Log-rank检验方法。
结果在结直肠癌和正常癌旁组织中共识别出212个DEGs和10个核心基因。GEPIA总生存期曲线显示,金属蛋白酶抑制剂-1(TIMP1)、分泌型磷蛋白1(SPP1)、蜗牛家族转录抑制因子1 (SNAI1)和胰高血糖素(GCG)的表达水平与结直肠癌患者总体生存率有关。高表达组TIMP1、SPP1和SNAI1结直肠癌患者总体生存率分别显著低于低表达组患者,并且低表达组GCG结直肠癌患者总体生存率显著低于高表达组患者,其结果具有统计学意义(P<0.05)。
结论筛选出4个结直肠癌临床诊断和预后的生物标志物,为进一步研究结直肠癌发病分子机制以及早期诊断和预后提供基础依据。
其他文献
目的探讨结直肠癌组织(CRC)芯片中蛋白磷酸酶2A的癌性抑制因子(CIP2A)、c-Myc的表达及临床意义。方法采用免疫组织化学方法检测44例CRC组织及正常组织中CIP2A、c-Myc的表达,分析CIP2A、c-Myc表达与临床资料及预后的关系。采用χ2检验和Kaplan-Meier法结合Log-rank检验进行。结果CRC中CIP2A、c-Myc阳性率高于正常组织(59.1%、54.6%比25
目的比较2016—2019年流感病毒甲型(IVA)、乙型(IVB)在儿童不同年龄阶段,性别,不同季节的流行病学特点及临床特征。方法回顾性分析2016—2019年于上海市第八人民医院门急诊就诊并经流感快速检测确定为感染了甲型、乙型流感病毒的患儿,其中流感甲型病毒感染2 388例,乙型病毒感染1 575例,对其发病年龄、性别、发病时间、发病特点、及其血常规各项常用指标进行比较和统计分析。结果流感病毒感
目的探讨影响椎体后凸成形术(PKP)治疗老年胸腰段椎体压缩性骨折的术中疼痛因素。方法收集2019年1月至2019年12月来自青岛大学附属医院48例行PKP治疗的65~75岁老年胸腰段椎体压缩性骨折的48节椎体,根据患者骨折时间长短分为A组(骨折时间1~7 d)22例、B组(骨折时间7~14 d)12例,C组(骨折时间14~21 d)12例。分别比较3组手术中球囊压力,体积,骨水泥量,术前、术中及术
目的探讨根治性前列腺切除术联合扩大盆腔淋巴结清扫术(ePLND)对临床局限性前列腺癌患者的应用价值。方法通过计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网(CNKI)、万方数据库以及中国生物医学文献电子数据库(CBM),英文检索词包括prostate neoplasms、prostate neoplasm、prostatic neoplasm、prostate c
目的研究原发性面肌痉挛(HFS)患者行显微血管减压术(MVD)后患侧发生严重听力障碍的危险因素。方法选择临沂市中医医院和国家卫健委中日友好医院神经外科自2007年10月至2020年8月采用MVD术治疗的3700例HFS患者,按术后是否出现患侧严重听力障碍,将患者分为严重听力障碍组和无严重听力障碍组。比较2组患者的临床资料,多重线性回归分析确定患者术后发生患侧严重听力障碍的独立影响因素。结果术后出现
目的从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞,YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸,通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒,通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒;BLAST分析显示该毒株全基因序列
目的通过突变的方式构建含有鼠Thy1.1基因或鼠Thy1.2基因的HIV-1 CRF07_BC感染性克隆,建立CRF07_BC亚型体外竞争试验。方法用鼠Thy1.1基因和鼠Thy1.2基因替换CRF07_BC亚型感染性克隆pXJDC6291-13 Nef区前218个碱基,构建成CRF07_BC感染性克隆BCEA1和BCEA2质粒。BCEA1和BCEA2进行293T细胞转染后获得病毒,测定病毒滴度,
目的了解宁波市儿童呼吸道感染病原体的流行特征,为临床防控和诊治提供参考依据。方法收集2019年7~10月份间宁波市妇女儿童医院就诊急性呼吸道感染患儿的标本共3 103例,通过基于毛细电泳的多重RT-PCR法检测常见的13种呼吸道病原体,并对结果进行统计分析。结果3 103例患儿中2 053例呼吸道病原体检测阳性,总阳性率为66.16%。检出率前3位分别为肺炎支原体(Mycoplasma pneum
目的分析山东省2017—2019年入组治疗的HIV/AIDS抗病毒治疗的及时性和影响因素。方法数据来源于国家艾滋病综合防治数据信息系统,入组抗病毒治疗时间为2017年1月1日至2019年12月31日,启动抗病毒治疗年龄≥15岁的中国内地籍HIV/AIDS为研究对象。纳入分析的变量包括人口学特征(性别、年龄、民族、文化程度、婚姻状况等)、感染途径、样本来源、诊断日期、基线CD4+T细胞水平、临床分期