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目的分析云南省的省、县两级实验室疟疾镜检诊断质量及影响因素。方法 2012年8月-2014年10月,云南省各疫情报送单位采集镜检确诊为疟疾的患者血样,制作血涂片和滤纸血送至省级疟疾参比实验室进行镜检和基因检测,并统计分析省、县两级实验室疟疾诊断的符合性。结果 2012年8月-2014年10月云南省的72个县镜检确诊疟疾病例1 400例,其中恶性疟、间日疟和未分型疟疾分别占18.4%(252/1 400)、79.3%(1 105/1 400)和3.1%(43/1 400),未分型疟疾比例最高为2012年的3.5%(9/257)。2012年云南各县与省级疟疾参比实验室疟原虫镜检结果的虫种符合率为70.1%(845/1 216),为2012-2014年期间的最低水平,血片疟原虫阳性符合率为77.6%(943/1 216)。各县的疟原虫镜检结果与省级实验室基因检测的虫种符合率、阳性符合率也是2012年最低,分别为81.3%(150/185)和85.0%(157/185)。省级实验室镜检与基因检测结果的不符合率为8.7%(97/1 120),不符合类型中以镜检阴性而基因检测为恶性疟原虫、间日疟原虫或恶性疟/间日疟原虫混合感染为主,占57.7%(56/97)。各县采集疟疾病例血样的覆盖率最低为2012月11月的46.9%(82/175)。2012-2014年全省血涂片制作质量得分分别为69.8、70.4和78.8(P<0.05)。结论 2013年后除个别县外,云南省的县级疟疾实验室诊断各环节的工作质量均显著提高。