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2004年，上海工程公司医药类项目新签和接转上年度项目，其数量创历年之最。截止11月30日，签约合同额超过2300万元；新完成和接转上年度项目可行性研究5项、初步设计21项、施工图设计30项、项目方案(报价、投标等)21项、施工配合25项。该年，由该公司设计的国家新药筛选中心、国家上海新药安全评价研究中心获第七次全国医药优秀工程设计一等奖；