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为了明确土壤微生物群落组成和结构对草原灌丛平茬处理的响应,并分析土壤微生物群落组成、结构与土壤理化性质及地上部植物群落的关系,本研究以小叶锦鸡儿灌丛化的退化草原为对象,对小叶锦鸡儿灌丛实施平茬处理并设置未平茬对照,处理3个月后,对两种处理条件下灌丛间植物群落的组成和结构及土壤理化性质进行测定,并运用磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid,PLFA)生物标记法分析两种处理下0～5和15～20 cm土层土壤微生物群落组成和结构。结果显示:(1)与对照相比,平茬样方植物群落地上总生物量有下降趋势,主要表现在褐沙蒿生物量的下降,物种数及Shannon指数显著增加,0～5 cm土壤p H显著降低,而15～20 cm土壤全碳、全氮及碳氮比显著提高; 0～5 cm土壤总PLFAs、格兰氏阳性菌(G~+)、格兰氏阴性菌(G~-)、细菌(B)、真菌(F)以及放线菌(Act) PLFAs含量显著增加,G~+/G~-显著降低。(2)冗余分析结果表明,土壤p H与G~+PLFAs含量呈正相关,与G~-、F及Act PLFAs含量呈负相关;土壤全氮与G~+、G~-、F及Act PLFAs含量均呈正相关;Shannon指数与G~+PLFAs含量呈负相关,与G~-、F及Act PLFAs含量呈正相关;地上总生物量与G~-、F及Act PLFAs含量呈负相关。这些结果表明了土壤微生物群落组成和结构能够对草原灌丛平茬处理引起的地上部植物群落及土壤环境条件的变化快速响应,对土壤健康状况具有指示作用,可为内蒙古灌丛化草原的恢复提供科学指导。