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微卫星DNA（或简单重复序列，simple sequence repeats，SSR）是继RFLP、RAPD等分子标记后出现的第二代分子标记技术。随着分子生物学的发展，微卫星标记技术在植物基因组中的应用越来越广泛。由于SSR具有多态性高，呈共显性遗传，遵守孟德尔式分离，在数量上没有生物学的限制，实验操作简单，对样品质量要求不高等特点，因此被广泛用于植物遗传图谱的构建、基因定位、构建指纹图谱、遗传多样性及物种进化与亲缘关系的研究等方面。