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针对不同产地的11个青稞样品,采用已知的21种SSR引物进行多态性分析、毛细管电泳图谱分析和聚类分析,并构建指纹图谱。结果表明:17种引物的多态性良好,能很好的区分受试青稞品种;受试青稞品种遗传相似系数在0.6206~0.9706,不同产地的青稞品种亲缘关系远近不一;采用3对引物就可以高效的将受试品种进行鉴别,并构建指纹图谱。实验可以为鉴定青稞的植物基源和品种选育提供理伦依据。