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公益性行业专项是我国实施的4个重大科研项目之一,具有明显的行业性、公益性、基础性和培育性等特点,对于行业体系建设和行业科技研发能力提升具有十分重要的战略意义。近年来,随着高校承担国家公益性行业科研专项项目数量和金额逐步增加,专项经费管理工作在高校科研经费管理工作中的重要性凸显。文章针对国家公益性行业科研专项经费管理的现状、存在问题的原因,最后提出了高校对国家公益性行业科研专项经费管理的对策。