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对未知功能的基因进行注释的通常的方法是依据序列同源性分析.近年来,出现了多种不基于序列同源性的基因注释的计算方法,这些方法不依赖于核酸或蛋白质序列的相似性,所能预测的基因的功能属性也有所扩展,如,能够预测基因间相互作用关系.这些方法有效地减少实验材料、时间消耗.该文综述了几种这样的计算方法,包括原理、方法评估及存在的问题.