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基于核函数的蛋白质关系（PPI）抽取可以捕获结构化信息,取得了较高的性能,但其计算复杂度过高。该文结合词汇、句法等信息,重点探讨了依存信息对基于特征向量的蛋白质关系（PPI）抽取的影响。在多个PPI语料库上的实验表明,依存信息和基本短语块信息可以有效提高基于特征向量的PPI抽取性能。特别要指出,在AIMed语料上的PPI抽取取得了54.7的F测度,是目前基于特征向量的PPI抽取系统的最好水平。