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目的：针对幽门螺杆菌感染合并功能性消化不良患者，讨论实施根除幽门螺杆菌的治疗作用，为日后的临床治疗提供参考与指导。方法：选择我院于2013年2月—2015年3月收治的幽门螺杆菌感染合并功能性消化不良门诊患者200例为研究对象，应用随机数表法，将200例患者划分为观察组与对照组。针对对照组患者，于临床实施常规治疗；针对观察组患者，于临床实施根除幽门螺杆菌的治疗，对比两组患者临床疗效。结果：经过临床治疗，观察组患者治疗总有效率为97.0%，对照组患者治疗总有效率为75.0%，比较差异显著，临床有统计学意义，P＜0.05，观察组优于对照组。结论：针对幽门螺杆菌感染合并功能性消化不良患者，实施根除幽门螺杆菌的治疗后，能够帮助患者迅速缓解症状。建议在日后的临床治疗中，将幽门螺杆菌感染合并功能性消化不良患者根除幽门螺杆菌的方法推广应用。