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细胞凋亡是动脉粥样硬化斑块的重要特征，其利害作用取决于斑块内凋亡细胞的种类和斑块所处阶段。进展期斑块内细胞凋亡可加剧炎性反应，而有效吞噬可抑制斑块进展。多种有效吞噬系统可根据吞噬受体、凋亡配体及桥联分子加以区别。有效吞噬系统障碍可使凋亡细胞无法及时清除，引发继发性坏死，促进斑块坏死核心形成，继而导致斑块不稳定甚至破裂。