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目前感染后肠功能紊乱的免疫学发病机制仍不清楚,免疫细胞的激活可能会导致肠道动力和感觉功能的改变,其中重要的抗原提呈细胞如树突状细胞（dendritic cells,DC）在免疫细胞的激活中发挥着重要的作用。肠道组织中的树突状细胞可以激活初始和适应性免疫应答,产生Th1和Th2型细胞因子,这些细胞因子可以引起肠道神经肌肉功能的改变,从而使肠道功能发生紊乱。