研究发现，细胞外的乙肝病毒DNA是一种松弛环状的双链DNA分子，其两条链均不是闭合的，其中负链较长，有数个碱基的“缺刻”；正链较短，有较大的“缺口”。在乙肝病毒的复制过程中，病毒DNA进入宿主细胞核，在DNA聚合酶的作用下，两条链的缺口均被补齐，形成超螺旋的共价、闭合、环状DNA分子(英文简称cccDNA)。cccDNA是乙肝病毒前基因组RNA复制的原始模板，虽然其含量较少，每个肝细胞内只有约5～50个拷贝，但对乙肝病毒的复制以及感染状态的建立具有十分重要的意义。近年来，国内一些大医院已建立了可靠的检测方法。
　　评价慢性乙肝抗病毒治疗疗效目前考核抗病毒药物疗效的标准，都是建立在乙肝病毒被抑制或可能被清除的间接评价指标之上，比如，病毒DNA达到不可测水平、HBeAg消失或血清转换、HBsAg消失或血清转换等。只有彻底清除了细胞核内的cccDNA，乙肝病毒复制的基础不复存在了，才是真正治愈了乙肝。可见，考核抗病毒治疗的最终疗效标准，应该是清除cccDNA，其他任何指标与之相比只能是“次要”标准。有研究表明，在血清HBsAg被清除的乙肝病毒感染者中，肝细胞内仍有cccDNA存在。但清除cccDNA的过程比较漫长，需要较高的社会和经济成本，而且在现有条件下进行长期治疗，伴随的必然是药物不良反应的增加以及病毒耐药突变等。因此，是否把清除cccDNA作为治疗终点，还需要进行更多的研究。
　　筛选抗病毒药物目前的抗病毒药物均不能有效清除CCCDNA，因此，开发新的、能清除CCCDNA的药物是患者和医生共同的期待。遗憾的是，CCCDNA分子在细胞内形成的一些关键环节，目前还不清楚或存在争论。如果能阐明这些环节，将有助于指导开发新的、能够清除eecDNA的抗病毒药物。
　　评价乙肝病毒复制的模型一种细胞或动物模型能否支持乙肝病毒复制，cccDNA可以作为一个较好的评价指标。最典型的例子是乙肝病毒转基因小鼠，尽管能检测到rcDNA和各种病毒抗原蛋白，并且能合成大量的乙肝病毒，但在其肝细胞核内未能检测cccDNA，因此，转基因鼠不能作为乙肝病毒感染的动物模型。相反，有学者发现用乙肝病毒去感染原代培养的树鼠肝细胞，其细胞核内存在乙肝病毒cccDNA，因此，树鼠可能是支持乙肝病毒复制的小动物模型。
　　评价肝组织损伤程度乙肝病毒cccDNA分子虽存在于肝细胞核内，但从理论上推测，如果乙肝患者变性坏死的肝细胞较多，血清中是完全有可能检测到cccDNA的。如肝衰竭大面积肝坏死时，外周血中检测到cccDNA的机会就比较大。
　　应用于肝移植乙肝病毒cccDNA检测技术在肝移植中的应用至少包括2个方面，即肝脏移植供者的筛查，和受者乙肝病毒感染或再感染的早期发现。由于不能排除抗HBc阳性供体肝脏中存在乙肝病毒可能，有学者主张对受者进行预防性抗病毒治疗，以防止受体感染或再感染乙肝病毒。笔者认为，完全可以对此类供体进行cccDNA检测，如阴性则没有必要进行过度的预防性抗病毒治疗。同样，如受者原为乙肝病毒感染者，也可以定期对其肝组织进行乙肝病毒cccDNA检测，判断肝细胞内有无乙肝病毒复制，以便早期发现乙肝病毒感染或再感染，甚至用于指导抗病毒药物的使用疗程和乙肝免疫球蛋白剂量的调整。关于cccDNA检测技术在肝移植中的应用，还有待于进一步临床研究。