【摘 要】
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为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了
【机 构】
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云南省林业和草原科学院,云南省水文水资源局昆明分局/云南省水环境监测中心昆明市分中心
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(31860177)资助,云南省应用基础研究青年项目(2016FD100,2017FD169)资助,云南省林业和草原科学院分子生物学研究团队(LKYTD-2020-001)资助
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为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC−plot、PR2−plot绘图分析并确定了其最优密码子。结果表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43%,远低于第1位(47.74%)和第2位(41.05%),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾。GC_(12)和GC_(3)的相关系数为0.1646,相关
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