杨叶木姜子在中医药、天然香精香料、趋避剂等领域具有重要应用价值,但其分布地域狭窄,仅在四川省部分地区分布,严重影响杨叶木姜子的开发和利用。本研究以四川盆地西南边缘峨眉山地带的杨叶木姜子为材料,在峨眉山全分布区内根据地理位置和海拔高度的差异选择7个不同区域采集到84个样本,利用简化基因组测序(GBS)技术对其进行遗传多样性分析。基于GBS文库,共检测获得到48795个SNP位点,主要变异来源于内含子区域(47.69%)和基因间区(30.71%)。系统进化树分析、主成分分析和群体结构分析均显示7个杨叶木姜子居群聚类到3个大群体。这3个群体分别来自不同的祖先,分别位于峨眉山以金顶为中心向外延伸的2条主要山脉和峨眉山断层向外延伸的山谷区域中,表明峨眉山区地理差异是造成遗传多样性的主要因素。3个群体平均观测杂合度(Ho)为0.27218,平均期望杂合度(He)为0.24596。群体内变异百分率达到96.28%,而群体间变异仅为3.72%。结果表明,峨眉山杨叶木姜子群体间具有较低的遗传多样性水平,但其在群体内具有较高的核苷酸多样性,变异主要来源于群体内变异。研究结果为杨叶木姜子遗传育种和物种多样性保护提供依据,在家系选择方面需注意群体内大量采样,种质资源保存应尽量选择较低海拔。