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分析了目前孔隙地下水流三维有限差分数值模拟中对含水层系统三维空间离散存在的问题,针对自然界孔隙含水层与隔水层空间分布的不连续性与厚度的不均匀性,研究了基于GIS的孔隙含水层系统三维空间离散实现的技术路线,提出了基于GIS与不规则六面体元的孔隙含水层系统的三维空间离散方法,最大限度地保证了离散体元中含水层类型的单一性,提高了孔隙地下水流模拟模型三维空间离散的精度.