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种群历史动态是分子系统地理学研究的核心内容,可用于阐明过去的地质气候变化以及人类活动等历史事件对当前物种分布的影响,同时也有助于制定合理有效的濒危物种保护策略.研究种群历史动态最常用的分子标记是微卫星标记以及基于线粒体DNA和叶绿体DNA的片段分析,最常用的分析软件是DnaSP v5.10、ARLEQUIN v3.5、msvar 1.3以及DIYABC v1.0.4.46.通过对分子标记在种群历史动态研究中的一些应用案例进行分析,探讨了当前此项研究中存在的问题,揭示了今后的发展趋势.