农户欠水费、水库拒放水、水库与灌区耕户出现双输博弈，这大概是农村税费改革以来农村水利灌溉中最为常见的现象。究其原因，是农田水利建设与管理中国家缺位、市场失灵及乡村组织退出而导致的恶果。
　　长期以来，我国的农田水利建设由国家和农民共同负担。国家负担部分通过财政预算和专项拨款实现，农民负担部分主要来源于乡统筹村提留。农村实行联产承包责任制后，国家对农田水利建设的投入严重不足，上级政府便鼓励下级政府尤其是基层政府筹集公共资源，典型的如“两工”。因为“两工”具有强制性，农闲时节，乡村组织可以统一调酉己“两工”，农田水利工程得到了持续、有效的维护，但随着农村人口流动数量的扩大，劳动力的组织越来越困难，农田水利建设失去了资金和劳动力基础，最终导致了农田水利系统逐渐瓦解。近年来，中央一号文件十分重视农田水利建设，国家投入也在逐年增加，但相对于已严重衰败的农田水利，这些投入杯水车薪，难以起到关键作用。
　　农村水利灌溉困境还源于市场化的农田水利改革缺乏有效的乡村组织基础。自1980年代初以来，农田水利改革的总体趋势是推进市场化，一是对水利工程单位进行企业化改制，二是改革农田水利收费制度。经过企业化改制的水管单位，为维持自身生存，将原先主要是公益性的服务转变为经营性收费。市场化取向的农田水利改革，其着眼点在水利工程本身的经营机制上，忽视了这一机制得以运行的组织基础。
　　农业用水市场的建立需要市场中的买卖双方具有稳定的合作关系。水利工程单位若想通过市场经营来维持自身生存，必须解决两个问题：一是水能卖出去，二是卖水的钱能及时收上来。但水利工程单位面对的是分散的农户，收费成本会高得让水利工程单位难以忍受。同时，大中型水利工程由于出水量大，不可能为单个农户放水，它最小的灌溉单位必须是一个村民小组或数个小组联合乃至一个或数个行政村联合，这就需要一定范围内的合作。在税费改革中被明令取消，并要求乡村组织不得插手农户的生产环节。乡村组织退出农村水利灌溉后，大中型水利工程单位与个体化农户的供水关系便不能维系，农户交不上水费，水利工程单位不放水的现象就必然发生。
　　针对当前农村水利灌溉的双输博弈，笔者以为应从以下几方面改革和完善现有农村水利投资、管理和组织机制。一是将以灌溉为主的大中型水利工程单位确定为准公益性单位，由县乡水利部门管理。政府在农田水利投入中设立水利设施管理、维护专项资金，根据灌溉面积划转给水利工程单位，以解决水利工程单位人员工资和水利设施的日常维护。二是统筹灌溉保证金。当前，“两补”直接发放到农户，农户得到一定的实惠，但农户因为不能合作灌溉而导致的损失大大超过“两补”数额，若将用于“两补”的一部分划转给县乡水利部门管理，有利于大中型水利设施真正发挥作用。三是因地制宜，完善组织机制，着力解决水利工程单位与个体化农户的衔接问题。具体做法是，灌区内由县、乡水利部门、水利工程单位和受益村委会共同组建灌溉委员会，各村以小组为单位组建用水协会，接受灌溉委员会的指导与管理。大中型水利工程是县乡范围内的水利骨干工程，它至少跨越数个乡镇和行政村，有基层政府参与的灌溉委员会，不仅可以协调水利工程单位与农户之间的摩擦，而且还能形成灌区水利设施维护上的合作机制。农村水利灌溉的核心问题是农民组织问题，这一问题不解决，农村水利灌溉问题就难以解决。