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改革以药补医的难点是补偿机制的建立、完善和运行。公立医院的运营模式主要包括：医疗收入、药品收入、政府补贴3个方面，一旦消减药品价格加成，只有靠提高医疗收入或者政府补贴，才能维持医院的正常运转。取消15%的药品加成，更深层次的信息是政府将更多的参与到医疗服务的结构中来。公立医院补偿机制改革是医改成败的关键。