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RNA二级结构预测是生物信息学领域重要的研究方向，基于最小自由能模型的Zuker算法是目前该领域最典型使用最广泛的算法之一。本文基于CPU＋GPU的混合计算平台实现了对Zuker算法的并行和加速。根据CPU和GPU计算性能的差异，通过合理的任务分配策略，实现二者之间的并行协作计算和处理单元间的负载平衡；针对CPU和GPU的不同硬件特性，对Zuker算法在CPU和GPU上的实现分别采取了不同的并行优化方法，提高了混合加速系统的计算性能。实验结果表明，CPU处理单元在混合系统中承担了14％以上的计算任务，与传