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一种移动式流域水环境自动监测系统，属于水环境监测系统技术领域，包括取样单元、水样预处理单元、分析仪器单元、数据采集单元和系统控制单元，其特征在于所述水样预处理单元、分析仪器单元、数据采集单元和系统控制单元都安装于集装箱壳体内，取样单元安装于壳体外部，取样单元通过水管连接分析仪器单元，分析仪器单元和数据采集单元接入系统控制单元。