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目的食管癌干细胞和长链非编码RNA（long noncoding RNA,LncRNA）均与食管癌放疗抵抗相关。本研究从食管癌干细胞入手,筛选出与食管癌干细胞放射敏感性相关LncRNA。方法对人食管鳞癌细胞株Eca109分别进行无血清和正常血清培养形成富集干细胞的悬浮细胞球（瘤球细胞组）和贴壁细胞（贴壁细胞组）。通过流式细胞技术从瘤球细胞组和贴壁细胞组分选出CD44+食管鳞癌干细胞和CD44-食管鳞癌细胞,再利用LncRNA高通量测序分析2种细胞间LncRNA差异表达谱,并应用实时荧光定量PCR方法验证前10位差异性表达最大的LncRNA。结果与CD44-食管鳞癌细胞相比,CD44+食管鳞癌干细胞组有2 517个基因表达上调,2 444个基因下调,其中mRNA有3 174个（1 479个上调,1 695个下调）,LncRNA有1 832个（1 038个上调,794个下调）。食管鳞癌干细胞MSTRG.73085（t=9.919,P<0.001）表达下调,其相对比值平均数为1.7×10-4,CH17-360D5.3（t=5.39,P=0.006）、CH17-360D5.2（t=9.192,P<0.001）、RP11-439E19.10（t=9.84,P<0.001）、MSTRG.424（t=4.391,P=0.012）、MSTRG.64087（t=6.591,P=0.003）和MSTRG.15903（t=11.71,P<0.001）表达上调,其相对比值平均数分别为335.3×10-4、26.7×10-4、8.6×10-4、3.8×10-4、5.1×10-4和33.6×10-4。结论瘤球细胞组中表达下调的MSTRG.73085,上调的CH17-360D5.2、CH17-360D5.3、RP11-439E19.10、MSTRG.424、MSTRG.64087和MSTRG.15903有可能与食管鳞癌干细胞的放射敏感性有关联。