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以籼稻品系75-1-127作为广谱持久抗稻瘟病基因Pi9的供体亲本,先后以籼型三系保持系三香B及其不育系三香A为受体亲本,利用Pi9基因内共显性InDel标记CoInDF1R1开展分子标记辅助选择连续回交育种,定向改良三香B和三香A的稻瘟病抗性.以三香B、三香A、75-1-127和感病对照CO39为材料,用来自国内外不同稻区的28份稻瘟菌菌株进行室内苗瘟接种试验,结果表明,75-1-127的抗性频率为85.71％,三香A和三香B的抗性频率均为28.57％.共显性标记CoInDF1R1从75-1-127基因组中扩增出一条320 bp的清晰条带,而从三香A和三香B基因组中的扩增产物约410 bp,多态性明显且稳定.用CoInDF1R1开展了连续10年的辅助选择回交育种实践,培育出改良抗病不育系三香A-Pi9及其配套抗病保持系三香B-Pi9.田间自然病圃苗瘟抗性鉴定表明,三香A和三香B高感苗瘟,而75-1-127、三香A-Pi9和三香B-Pi9均高抗苗瘟.花粉镜检和田间育性调查结果表明,三香A-Pi9和三香A花粉少,花粉粒以圆败为主,套袋自交结实率为0;而三香B和三香B-Pi9花粉较多,花粉粒碘染及田间结实正常.此外,三香A-Pi9具有优良的异交习性,柱头外露率达61.70％.三香A-Pi9和三香B-Pi9田间群体整齐一致,主要产量性状与对应受体亲本相似,而单穗颖花数极显著增加,丰产性更好,杂种优势潜力更大.