基于生物信息学方法筛选散发性克雅氏病神经炎症相关关键基因

来源 :天津医科大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Waaa
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目的:鉴定散发性克雅氏病(SCJD)神经炎症相关的关键基因.方法:用GEO2R工具筛选GSE160208数据集中的SCJD脑组织(n=27)和正常脑组织(n=20)的差异表达基因(DEGs).用R语言的“cluster Profiler”和“DOSE”包对DEGs进行富集分析.通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因.用GSE124571数据集验证关键基因的表达,绘制关键基因的受试者工作特征(ROC)曲线鉴定hub genes.结果:本研究有127个DEGs,富集分析结果提示DEGs与吞噬体、核因子-κB信号通路和B细胞受体信号通路等有关.经过PPI网络的构建、hub基因RNA表达的验证和ROC曲线的绘制,最终TLR2、C1QA、ITGAM、C3AR1在SCJD中表达升高(t=2.12、3.197、3.107、3.284,均P0.9),被筛选为SCJD hub基因.结论:TLR2、C1QA、ITGAM、C3AR1在SCJD中有关键作用,可以作为SCJD发展过程中神经炎症相关的hub基因.
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