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根据R&D活动包括三大执行主体①,将区域R&D活动分解为高校、企业和科研机构三个子过程,通过构建并形结构的关联网络DEA模型对我国区域R&D投入绩效进行较全面的评价。结果表明:我国区域R&D投入的整体效率和三个子过程效率都普遍偏低,存在明显的区域差异;高校的R&D活动效率是三大执行主体中最高的;企业R&D活动效率与区域总效率具有高度的一致性,而科研机构R&D活动效率的过分低效导致了我国区域R&D投入绩效的普遍偏低;R&D活动三大执行主体之间存在显著的不协调性;东、中、西部三大地区的R&D活动效率呈现明显的"阶梯分布"现象。