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绿色创新合作型生态补偿是指流域下游的受益方与上游的受损方开展绿色创新合作代替传统的经济赔偿的过程或行为,其运作模式包括绿色创新股权合作型生态补偿模式和绿色创新非股权合作型生态补偿模式.前者包括创建、入股、债转股或兼并形成绿色创新企业模式,共建绿色技术合作研发平台模式,设立绿色创新定向投资基金模式等;后者包括建立绿色创新联合体模式,建立绿色创新战略联盟模式,设立绿色创新定向融资担保基金模式等.其政策启示为:编制绿色创新合作型生态补偿的规划;为绿色创新合作型生态补偿提供法律保障;出台促进绿色创新合作型生态补偿的财政政策、金融政策、政府采购政策;强化企业环境责任,尤其是补偿地区企业环境责任.