分税制改革形成的基本财政框架一直发挥着其在制度层面的正效应，但是鉴于分税制改革又受到很多限制，因而在制度安排方面不可避免地存在一些问题，随着社会经济的发展，这些问题日趋显现，应当适时处理。
　　1994年分税制改革走的是已形成“路径依赖”的中国渐进式改革之路，在当局人士以及地方各利益群体的博弈和权衡中达成，受制于各种主客观条件，1994年的分税制改革带有浓重的过渡色彩，很多配套制度并不完备。整个体制安排使得以中央和省为代表的各地方之间确立了分税制框架，但并没有理顺省以下地方各级之间的关系，地方政府财源建设缺乏有效的制度安排，从而出现了基层财政困难、职能转变不到位以及行为短期化、土地财政等问题。
　　如把问题的根源都归结到分税制上，指责分税制造成地方财力困难和土地财政问题，显然有失偏颇。因为当前的基本事实是，在我国省以下的财政体制并没有真正进入分税制状态。
　　就土地财政这一问题来看，其实具体分析，它在城镇化——征地——土地批租（招拍挂）这个链条上一步一步推演下来，本身并没有大问题。从国际比较角度，我更倾向于把“土地财政”作为一个中性表述来看。西方市场经济发达的国家，一般在地方层面典型的可持续财政体制，都是分税制之下，使地方政府以和土地不动产直接相关的财产税或者叫不动产税作为税收支柱，在不动产保有环节上年复一年地取得这种大宗、稳定的收入来源，在美国，其占当地总收入的比重最低不会低于40%，而且最高可以超过80%，从某种意义上讲，这也是一种土地财政。
　　具体看我国主要靠土地批租取得收入的土地财政的制度框架，其实仅谈其本身也并没有大问题。市场经济发展推动工业化、城镇化进程，土地必然会越来越多地投入到工业化、城镇化建设中，肯定要通过拆迁、征地等方式，扩大建成区。如果土地的出让和地块的取得靠的是行政划拨以及协议出让，就极易滋生权力寻租和腐败，所以应当实行竞争性的招投标与拍卖。中国土地财政的问题所在，主要是中国仅仅是靠一级市场土地批租这一个环节取得收入，而保有环节却不产生应有的大宗稳定收入，没有像样的地方税体系和规范的地方政府融资制度，结果助长了地方决策层行为的短期化。这个短期行为的弊端表现在：当事的地方政府官员只考虑在自己任期内怎么把土地尽量以高价出让，把土地出让收入尽可能拿足。而至于这块地在以后40年到70年的时间段里面不会再以这个方式产出任何政府收入，则是与本届政府无关的事情。这就带来了一系列派生的短期行为和负面效应。
　　那么我们回到上一个问题：为什么中国的地方税体系至今没有成型，为什么省以下迟迟没有进入分税制状态？当初改革中，省以下各级政府是按照四个层级来考虑其实体层级配置和税基划分的，如果再加上中央一级，其实是个五级框架。这样的五级框架已经造成了层级过多、共享过多的局面，而且分税制在省以下陷入五花八门、复杂易变、讨价还价色彩十分浓重的分成制和包干制，真正的分税制无法有效贯通到基层。至今我们还看不到一个在省以下能具有分税制特征的典型地区，即使是最发达地区也没有出现。所以现实生活已证明：按照五级分税，此路不通，必须另辟蹊径。
　　简要评价一下1994年分税制改革带来的影响，可以看出，这一时期我国整个经济的成长性是非常明显的，我国政府的财政收入状况也在分税制框架下实现了占GDP比重一路走高。就地方政府的财政收入来看，从1994年到2000年增长了89%，差不多也增加了一倍。1994年的改革大方向是正确的，正面效应需充分肯定，而其问题突出表现为在真正可持续运转方面的有效制度供给仍然不足，因此必须形成正确的战略思维和思路来深化改革，也就是要正面说到：面对“十二五”这样战略机遇期，怎么考虑把握好深化财税改革这个大思路下的重点内容。