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构造了一个新的数学模型，把三维HP模型的蛋白质折叠问题由一个有约束的优化问题转化为无约束的优化问题，通过建立相对坐标和邻域结构，提出了一个局部搜索算法，并对文献中的链长不同的7个算例进行了测试。结果表明，该算法能在较短时间内找到其中5个算例的最优能量枸形，对另外2个难例，则可以找到能量仅比最优构形高一个单位的次优构形。