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准噶尔盆地地壳从沉积层底至莫霍面可分为上、中、下3层。中地壳比上、下地壳均薄。盆地基底分为结晶与褶皱基底，上基底主要为晚古生代地层，南部褶皱基底较薄或缺失，发育有北西、北东、南北与东西4组方向构造线。北西与北东两组构造线表现最强，控制了盆地二级构造单元的南北分带。南北向断裂与东西向断裂均为隐伏构造线。腹部基底由东西向与南北向构造线相互交切而成的一系列块体组成，次一级凸起大都彤成于这些块体的顶角区。西北缘发育北东与北西2组断裂，组成“H”型块断结构。准东印支运动期开始由干顺时针扭动作用，北西西向与北东向断裂