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科学论文内容本体是科学论文内容结构和语义功能的形式化和规范化知识表示，对于科学论文的深度标引和知识挖掘具有重要意义。本文系统梳理了已有科学论文内容表示模型和内容本体，并以功能单元理论为基础．提出科学论文功能单元本体的设计思路，构建包含28个类和5种属性在内的科学论文功能单元本体FUO。借助本体构建工具Protege，对科学论文功能单元本体FUO进行形式化表示。借助语义标注工具GATE，利用功能单元本体FUO对论文进行初步的深度标引实验，检验了该本体的可用性。结果表明，功能单元本体FUO能够很好地表示科学论