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针对高超声速飞行器预警系统中资源难以合理利用的问题,提出一种基于双层规划的预警资源分配方法.首先,建立高超声速飞行器运动状态的马尔可夫模型,提出威胁评估的方法;其次,基于隐马尔可夫模型和卡尔曼滤波,提出双层规划的高超声速飞行器预警资源分配模型,下层规划以单位资源损耗下信息增益为目标函数,上层规划以风险的降低为目标函数;然后,针对模型的求解,提出改进的广义粒子群优化算法;最后,通过仿真分析验证所提分配方法和算法的有效性和可行性.