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炎症性肠病（inflammatory bowel disease,IBD）发病率仍在增加,但尚未发现明确的病因和治愈方法.IBD是一种多病因（遗传学,表观遗传学,环境因素和宿主免疫系统）之间的复杂相互作用导致的异常免疫反应和慢性炎症.在过去几年中,肠道微生物群（组成和功能）在IBD发病机制中的作用已越来越受到关注.根据新的发现,肠道生态失调可能是导致IBD及其并发症的关键因素之一.此外,复杂的宏基因组学研究提供了鉴定肠道微生物组和区分IBD类型的可能性.综述肠道菌群与宿主免疫之间的相互作用以及这种相互作用