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纳日贡玛铜钼矿床矿物中包裹体丰富、类型多样，有晶质熔体包裹体、流熔包裹体和流体包裹体三大类。其中，流体包裹体又分气体包裹体、液气包裹体、气液包裹体、含金属矿物或石盐子晶的气液包裹体。对流体包裹体的研究表明，该矿床是在较浅的地质环境中形成的，成矿温度主要为246℃～300℃，盐度最高为31．3wt％～42．2wt％NaCl，而且其矿体均产于高盐度包裹体分布的范围内，并且流体成份以Na^＋、Cl^-和H2O为主。在含矿斑岩的石英中发现了流熔包裹体，这是一种岩浆～热液过渡性流体存在的直接证据，该证据说明了纳日贡