【摘 要】
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目的 基于生物信息学方法,研究自噬相关基因在急性髓系白血病(AML)中的预后意义.方法 根据从The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库下载AML的RNA-seq数据和临床数据,基于自噬
【机 构】
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中山大学附属第三医院血液内科,广东广州510630;中山大学附属第三医院中心实验室,广东广州510630
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目的 基于生物信息学方法,研究自噬相关基因在急性髓系白血病(AML)中的预后意义.方法 根据从The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库下载AML的RNA-seq数据和临床数据,基于自噬基因的表达谱,使用单因素Cox回归分析确定与AML的总生存期(OS)显著相关的自噬相关基因;使用LASSO回归分析建立自噬相关基因的预后预测模型;使用Kaplan-Meier生存分析进行预后模型的验证;GO、KEGG和蛋白质-蛋白质分析揭示与AML中15个风险基因相关的信号传导途径、细胞过程和蛋白质互作关系.结果 自噬相关基因的批量单因素Cox回归分析,共有34个自噬相关基因和AML患者的OS存在显著相关(P＜0.05),其中有15个被视为风险基因,19个被视为保护基因;检验自噬相关基因的预后预测模型,其ROC曲线下面积(AUC)为0.74,显示该预测模型具有准确性及可靠性;根据预测模型的中位风险评分分组,AML高风险组的风险基因表达高于低风险组;Kaplan-Meier生存分析表明高风险组的总体生存较低风险组更差;风险评分与生存时间的关系呈现负相关;GO和KEGG分析提示自噬相关基因的生物学过程可能涉及细胞分化的负向调控、囊泡产生以及RAGE受体结合等;并且基因间的蛋白互作存在紧密联系.结论 基于自噬基因的预测模型可用于AML的预后评估.
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