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目的 建立新疆紫草、黄花软紫草HPLC指纹图谱，并进行化学模式识别分析。方法 分析采用Agilent-C18色谱（250 mm×4.6 mm, 5μm）;流动相乙腈-0.05%甲酸（70∶30）;体积流量1 mL/min;柱温30℃;检测波长275 nm。采用Mataboanalyst对36批样品进行聚类分析、主成分分析、正交偏最小二乘法判别分析。结果 HPLC指纹图谱中有5个共有峰，相似度均大于0.9。各批样品分布较为集中，可分为2大类，每一类中均含有2个品种，发现了7个特异标志峰。结论 该方法简便稳定，重复性好，可用于新疆紫草、黄花软紫草的质量控制和综合评价。