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目的对比分析手足口病患儿咽拭子和肛周拭子标本的病原检出率。方法采用实时荧光定量PCR技术对310例手足口病患儿的咽拭子和肛周拭子标本进行肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）、肠道通用型病毒检测。结果 310例患儿的咽拭子、肛周拭子标本中,肠道通用型病毒阳性率分别为73.87%、89.68%,EV71阳性率分别为14.52%、20.00%,Cox A16阳性率分别为6.45%、9.35%。两种类型标本中肠道病毒通用型、肠道病毒EV71型、柯萨奇病毒Cox A16型阳性检出率差异