塔里木河源流区农业用水量直接影响下放至干流的水量,从而间接影响干流区生态系统结构的稳定性。为此,研究基于农业水足迹反映农业用水变化情况,进而分析塔里木河流域"四源"农业用水与干流生态系统结构变化的关系,为后续维护干流生态系统结构稳定性决策提供科学参考依据。结果表明:1960年代—1990年塔里木河"四源"农用地总量变化不大,阿克苏河流域新开垦量与叶尔羌河流域减少量相当,农业水足迹同时呈缓慢小幅增长,干流生态系统结构变化以自然绿洲生态系统缩小和荒漠生态系统扩张为主;以2000年为分界点,2000年之前"四源"农用地和农业水足迹显著增加,导致干流生态系统中自然水域生态系统、自然绿洲生态系统和荒漠生态系统皆有不同程度的萎缩,"四源"农业用水消耗是干流生态系统恶化的直接原因;2000年之后在生态治理工程的影响下,虽然"四源"农用地和总农业水足迹在持续增加,但是节水工程年均节约近27.22×108m3,保证了下游生态系统的需水量,使其得到一定恢复。