一、发病症状
　　
　　1.根腐病。其病原菌为腐皮镰孢菌。一般在定植后至盛果期发生，染病植株的枝叶白天发生萎蔫。傍晚至次日凌晨恢复。反复多日后整个植株枯死。观察根部，病株的根及根茎部皮层呈浅褐色至褐色腐烂，而且易剥离，多由支根蔓延至主根。
　　2.青枯病。是一种细菌性病害，苗期症状表现不明显，定植后从主根基部开始发病。病株顶部叶片白天枯萎，阴天或早晚恢复，2～3天后叶片保持绿色但全株枯萎。根茎的表层不变色，切开病茎，纵部根茎维管束变成暗褐色，将切口浸在水中，从切口处流出白色混浊的菌液。
　　3.疫病。是由辣椒疫霉菌侵染引起的病害。染病后植株根茎部初呈水渍状，后变黑褐色。很快绕茎一周，病部稍缢缩，造成整个植株萎蔫枯死。在为害根茎部的同时，还为害植株的茎权分枝。多表现为褐色或黑褐色条形病斑。
　　
　　二、发病条件
　　
　　三种病害均可借灌水、施肥等田间操作传染。进行再侵染。老棚室和连年重茬栽培的。因土壤中病菌含量不断增加，发病加重，棚室内通气不良，高温高湿有利于病害的发生：特别是在灌水和培土后，土壤板结，根部通气不良时，会加速病害的发生发展。
　　
　　三、综合防治
　　
　　1.合理轮作倒茬。前茬作物应以十字花科和豆科作物以及葱、蒜等为宜。尽量避免与茄果类、瓜类等作物连作，以有效地阻断菌源。
　　2.加强栽培管理。调节好棚室内的温度和湿度，随时做好棚室的通风换气，以控制病害发生条件；提倡膜下滴灌或小水浇灌。保持土壤半干半湿状态。切忌大水漫灌，严防土壤积水；注意浅中耕，避免土壤板结；培土不宜过早、过深；实行平衡施肥，增施以有机肥为主的磷钾肥料，促进辣椒稳健生长，以增强植株抗逆能力。
　　3.及时清洁田园。观察辣椒生长与发病状况，一旦发现病株应及时拔除，带出棚外集中烧毁或深埋，并随即清除病穴土壤，撒施生石灰或喷灌石灰水0.5千克，或灌入2％福尔马林溶液进行消毒处理。以控制病菌的传播蔓延。
　　4.做好药剂防治。应做到早发现、早防治，抓住发病初期及时用药防治。
　　①根腐病可用70％纯品甲托可湿性粉剂800～1000倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50％甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液。同时混加强力生根剂灌根，每株0.5千克，每隔7天1次，连灌2～3次。
　　②青枯病可用72％农用硫酸链霉素可溶性粉4000倍液、25％青枯灵可湿性粉剂500倍液、100万单位新植霉素3000～4000倍液、农抗“401”500倍液、77％可杀得可湿性粉剂500倍液、12％绿乳铜乳油500倍液、双效灵400倍液等药剂灌根，每株灌药液0.3～0.5千克，每隔10天1次，连用2～3次。
　　③辣椒疫病可用50％甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，64％的杀毒矾可吸湿性粉剂500倍液、或72.2％的普力克水剂600～800倍液灌根，每株灌0.5千克，每隔7天1次。连续3～4次。或使用具有预防保护、铲除杀灭功能50％福帅得悬浮剂2000倍液进行全面均匀喷雾，间隔7～10，天再喷1次，连用2～3次，防效显著。也可选用烟熏法或粉尘法。即于发病初期用45％百菌清烟雾剂每亩每次1.12～0.15千克，或5％百菌清粉尘剂每亩每次l千克。隔7～10天1次，连续防治2～3次。
　　选用化学药剂防治时，应注意药剂的交替、轮换使用，以防产生抗药性而降低防治效果；同时在采收前5天(农药安全间隔期)必须停止使用。