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采用单因素试验方法对番木瓜（Carica papaya L．）SCoT-PCR反应体系进行了优化，并对引物进行了筛选。结果表明，在20此的番木瓜SCoT-PCR反应体系中，包含2．0mmol L-1 Mg2＋，0．3mmol L-1dNTPs，0．8μmol L-1引物，30mg L-1模板DNA和1．0UTaq聚合酶。运用该体系对不同引物和22个番木瓜品种进行验证，扩增的稳定性、可靠性良好，且分辨率较高，同时筛选出多态性丰富的5条引物和5对引物组合。因此，优化的番木瓜SCoT-PCR反应体系可用于种质鉴