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在采用Malmquist指数模型测算全要素生产率的基础上，利用改进的CH模型，对2003—2012年上海与南京两市的创新扩散效应进行对比研究。结果显示：上海作为我国典型的创新型城市，研究机构投入、研发人员、技术交易和外商直接投资都对其全要素生产率产生显著影响，而南京只有研发人员和技术交易额对全要素生产率产生显著影响，且外商直接投资均对两市全要素生产率产生反作用。最后，针对研究结果提出相关的政策建议。