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肥大细胞在不同种属、同一种属的不同个体、同一个体的不同部位及同一部位的不同细胞都存在着异质性。啮齿动物(如大、小鼠等)的肥大细胞,主要根据其分布的不同,可分为两大亚群:粘膜肥大细胞和结缔组织肥大细胞。人的肥大细胞,主要根据其所含糜蛋白酶(Chymuse)和类胰蛋白酶(Trptose)情况的不同分为两大亚群:TC 肥大细胞和T 肥大细胞。两大亚群在解剖定位、组化染色、生化和功能等方面都有很大不同。肥大细胞亚群研究的不断深入,对于理解由肥大细胞参与急慢性炎症反应和变态反应性疾病至关重要。