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本文在多核环境下，使用OpenMP实现了经典分子动力学模拟程序的并行；同时对分子动力学模拟进行了两项主要的优化：分子排序及运用SIMD指令运算。在4核下获得了4．13倍的计算性能提升，将经典分子动力学模拟的模拟规模提高至4000分子×10^7模拟总步数。
多核环境下的分子动力学模拟
【摘 要】
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本文在多核环境下，使用OpenMP实现了经典分子动力学模拟程序的并行；同时对分子动力学模拟进行了两项主要的优化：分子排序及运用SIMD指令运算。在4核下获得了4．13倍的计算性能提升
【机 构】
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西安交通大学动力工程多相流国家重点实验室
【出 处】
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工程热物理学报
【发表日期】
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2009年10期
【基金项目】
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霍英东高等院校青年教师基金项目（No.111060）
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