目的:对医院学科建设各层级指标体系权重进行优化.方法:按层次分析法的步骤,设计判断矩阵问卷并请临床学科带头人、科研处、教务处、医务处等职能处室、基层医务人员填报数据,对数据进行归一化处理及一致性判断,获得各层级指标权重.结果:咨询专家工作10年以上占85.7％,高级职称占72.4％,硕士及以上学历占95.2％.医院学科建设评价指标体系中,一级指标权重最高的是医疗品牌(0.3286),最低的是社会声誉(0.1017);二级指标权重最高的是医疗水平(0.1340),最低的是人才梯队(0.0310);三级指标权重最高的是危重/疑难患者、三四级手术比例、CMI值(0.0502),最低的是SCI收录期刊编委及国内合法期刊副主编以上(0.0059);部分三级指标下属的四级指标权重最高的是国家级领军人才(0.0353),最低的是中国科技核心期刊(统计源)论文影响力(0.0033).结论:基于层次分析法的指标体系权重分配科学且合理,部分指标权重与采用焦点小组方法赋分的结果一致,部分指标权重反映了教育部、科技部出台的相关政策,医院学科建设指标体系还需要随着国家、行业政策,单位发展规划以及运行实践不断调整优化.